A Santo Antônio do Descoberto foi fundada por volta de 1722, no auge do ciclo do ouro do Brasil colônia. Tornou-se distrito de Luziânia em 1963 e emancipou-se em 14 de maio de 1982, 260 anos depois de achado ouro. O primeiro prefeito e a primeira câmara de vereadores foram eleitos em 15 de novembro seguinte. Bartolomeu Bueno da Silva, o Anhangüera II, procedente de São Paulo, esteve por aqui em 1722, com sua bandeira composta por 152 pessoas, incluindo escravos, tendo como guia Urbano Couto Menezes. Aqui, foi achado ouro, construída uma capelinha em louvor a Santo Antônio de Pádua e erigida uma cruz de madeira no alto do Morro Montes Claros.

   Como diz a lenda, os escravos acharam a imagem de Santo Antônio debaixo de um pé de angico e ao lado construíram uma capelinha para abrigar a imagem do Santo. É desconhecida a data precisa de quando se deu inicio à construção da capelinha, mas sabe-se que foi entre 1722 e 1748, conforme citação do “julgado das Ditas Minas de Santa Luzia”, um documento em que se delimitou a área de mineração. Esse documento de difícil leitura, foi copiado pelo escritor Paulo Bertran, do original em poder da Biblioteca Nacional no Rio de Janeiro.​

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Formação Administrativa

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• Distrito criado com a denominação de Santo Antônio do Descoberto pela Lei Municipal n.º 493, de 20-01-1964, subordinado ao município de Luziânia.

• Em divisão territorial datada de 31-XII-1968 o distrito figura no município de Luziânia. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.

• Elevado à categoria de município com a denominação de Santo Antônio do Descoberto, pela Lei Estadual n.º 9.167, de 14-05-1982, sendo desmembrado de Luziânia. Sede no antigo distrito de Santo Antônio do Descoberto. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-02-1983.

• Em divisão territorial datada de 2003 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.